İçişleri alt sektörü, göç ve iltica, entegre sınır yönetimi ve organize suçlarla mücadele gibi önemli konuları içeren oldukça geniş bir alandır. İçişleri Bakanlığı, merkez ve bağlı kurumları ile bu alandaki lider kurumdur. İçişleri Bakanlığı bu sektörün tamamının koordinasyonu, programlanması ve izleme-değerlendirmesinden sorumludur.

İçişleri alt sektöründeki projelerle ilgili kurumlar; Göç İdaresi Genel Müdürlüğü, İller İdaresi Genel Müdürlüğü/Sınır Yönetimi Dairesi Başkanlığı, Emniyet Genel Müdürlüğü, Jandarma Genel Komutanlığı, Gümrük ve Ticaret Bakanlığı, Milli Eğitim Bakanlığı, Sağlık Bakanlığı ve Adalet Bakanlığı’dır.

Göç ve İltica alanında, İçişleri Alt-sektörünün de önemli önceliklerini işaret eden düzensiz göçle mücadele, insan ticaretiyle mücadele ve mağdurların korunması, düzenli göçün kolaylaştırılmasının teşvik edilmesi ve uluslararası koruma kapasitesinin geliştirilmesi temel alanlardır. Ayrıca, Suriye Krizine bağlı olarak Suriye’den yoğun sığınmacı akımı da bir diğer önemli zorlayıcı konudur.

AB’nin Entegre Sınır Yönetimi (ESY) modeline uyumlu bir sınır yönetiminin kurulması ile ilgili çalışmalar, ‘Adalet, Özgürlük ve Güvenlik’ faslı kapsamında İçişleri Bakanlığı koordinasyonunda yürütülmektedir. Türkiye’de sınır güvenliği hizmeti; sınır kapılarında Emniyet Genel Müdürlüğü ile Gümrük ve Ticaret Bakanlığı, kara sınırlarında Kara Kuvvetleri Komutanlığı ve deniz sınırlarında Sahil Güvenlik Komutanlığı tarafından yerine getirilmektedir. İçişleri Bakanlığı İller İdaresi Genel Müdürlüğü / Sınır Yönetimi Daire Başkanlığı yukarıda sayılan kurumlar arasında koordinasyon sağlanması ve alandaki mevzuat ve proje çalışmalarının yürütülmesinden sorumludur. Türkiye’nin ESY alanında kurumsal, yasal ve teknik kapasitesini güçlendirmek amacıyla IPA-II kapsamında yukarıda sayılan kurumların doğrudan veya eş yararlanıcısı olduğu projeler yer almaktadır.

Organize suçla mücadele alanında, kolluk kuvvetlerinin görev ve sorumluluklarının AB standartları doğrultusunda uyumlaştırılması, kurumlar arası işbirliği ile uluslararası işbirliğini geliştirme bu alanın ana dinamikleridir. Kara para aklama, terörizm, uyuşturucu ve siber suç gibi konular bu alanın temel konularıdır. Ayrıca, eğitim ve ekipman düzeyini artırma, ulusal ve uluslararası alanda polis işbirliğini geliştirme bu alanın öncelikli amaçlarındandır.